やまめさんのソフトのreadmeを読んだことがないので何とも言えませんが， とりあえず， 「転載等をする場合の許可は不要」という文章を， 明確に， はっきりと書いておいたほうが良いかと思います。そうでない場合， 出版社の人は， 著作権の侵害の可能性があると考えてしまいます。
その可能性が1%でもある場合， 念のため確認を取ってみようと思うのは当然のことだと思います。

出版業界というのは， 昔から(ネットワーク文化が発達する前から)， 著作権というものを重視してきた業界だと思います。(最近はそうでもない会社もあって，逆に困ってしまいますが。) 彼らにとっては， 「無断転載」というのは， 会社の信用を傷つける， 重大な問題なのです。したがって， そのようなメールを送ってしまうのも無理ないことだと思います。

ただ， メールが事務的だというのはおっしゃるとおりですね。私見ですが， 事務的なメールを送ってくる会社よりも， 丁寧なメールを送ってくる会社の方が， 雑誌等のソフト解説記事がしっかりしていると思いました。