>HD上のデータといえども、財産権は成立すると思いますが、どうなんでしょうか。
>もし成立するなら、財産権の侵害になると思います。

　何の財産権が成立しうるでしょうか？
　詐欺？　窃盗？　強盗（^^）？
　まず何の条文が問題になるか明らかにならないと話が進みませんです。

　他人の権利関係に口をつっこまれるのであれば、もう少し問題となっている条文くらいは明示されないと本人がかわいそう & 本人に失礼だと思います。例えばあなたのように、構成要件すっとばして（つまりなんらかの犯罪の実行行為を行ったことを前提として）違法性を検討し出したら、本人はいい気しないでしょう。
　もっともまともなカキコをしている人に属するあなたでもこういう発言飛び出しますのでこのBBS怖いです。尚、この件で違法性阻却事由に正当防衛緊急避難をもちだすのは場違いです。条文をよめばわかります。

>バグなどで生じた損害については、成り立つでしょうが、意図的にした場合もこの条項は有効なのでしょうか。

　極端な話、意図的に不特定多数人に損害を確実に生じせしめるようなソフトであれば、詐欺系の犯罪になるとは思いますが、この件では、意図的にしたということが定かではないですし、かつ普通に使用する限りでは何も起きないので、立証が難しいのでは？

>社会通念上相当と認められる範囲を逸脱した契約条項は無効になる場合もあると思うのですが。

　それはありますよ。もちろん債務不履行(民415)。その効果として、契約解除権や損害賠償請求権が発生します。ちなみに民法ではいきなり契約無効というパターンはあまりありません。例えば詐欺の場合はその効果として、取消権が発生します。